着色芽生菌病的治疗，主要以药物治疗为主，有必要可以配合手术治疗。

药物治疗方面，分为口服药物和外用药物。口服药物主要以抗真菌类的药物为主，比如伊曲康唑、特比萘芬等，能够抑制真菌，从而使因真菌代谢繁殖而导致的诸多障碍逐渐恢复。还可以适量地配合一些口服的免疫调节剂，对于整体的恢复，也有一定的调节作用。

而外用药物方面，则建议涂抹硝酸咪康唑乳膏或者是酮康唑乳膏，有必要可以在皮肤表面的病灶内部进行两性霉素B的封闭注射，也有一定的作用。如果皮肤表面的症状并不是非常大，又想快速治疗，则可以选择手术切除。