肛瘘就诊科室是肛肠科和胃肠外科、普外科，有的患者是基础疾病多，涉及到内分泌系统和神经系统、消化系统等多个学科。

比如糖尿病、结核病、溃疡性结肠炎、免疫力低下的病人，要积极治疗糖尿病，控制血糖，抗结核治疗以及综合治疗，提高患者免疫力和抵抗力，就需要多科室协同作战配合治疗。

在提高机体整体免疫力的情况下，采取正规治疗才能痊愈，以及杜绝肛瘘的复发，通常肛瘘需要进行手术治疗才能痊愈。