衣原体感染可以对眼睛造成损害，眼睛感染衣原体可以导致患者发生结膜炎，患者可以表现为眼部瘙痒的症状，感染严重的患者还可以导致倒睫。

衣原体感染还可以导致患者发生泌尿系感染，患者可以出现尿急、尿频、尿痛的症状；衣原体还可以导致患者发生子宫宫腔的感染，可以导致患者发生流产的症状。

衣原体还可以侵犯呼吸道，导致患者发生呼吸道感染，患者可以表现为咳嗽、发热等症状；衣原体还可以导致神经系统的感染，导致脑炎。