衣原体感染和病毒感染的区别，在于感染病原微生物情况、临床症状等方面。

衣原体感染病原微生物为衣原体，在临床上常见于沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体等种类。病毒感染的病原微生物为病毒，在临床上常见于疱疹病毒、流感病毒、肝炎病毒等。

衣原体感染的临床症状与种类以及病变位置有关，如沙眼衣原体引起眼睛病变，患者以眼痛、流泪，以及眼结膜炎症为主要表现。病毒感染的临床症状与病毒种类有关，如流感病毒感染，可以引起寒战、高热及呼吸道感染症状。