短肠综合征的治疗主要以营养支持治疗为主。

由于患者腹腔内缺失了部分小肠而造成营养吸收的有效面积减少，会导致比较顽固的腹泻和电解质紊乱等不良症状，尤其是在术后急性期内，因为肠道不能够适应肠黏膜吸收面积的骤然减小而导致严重腹泻，因此在这个时期内，应该以控制腹泻、维持水和电解质的平衡为主，此时通常需要加上胃肠外的营养辅助治疗。

随着机体逐渐适应，可以逐渐减少胃肠外的营养，这个时期就需要制定个体化的饮食方案，必要时可通过药物来减轻患者的腹泻症状。