三个月的宝宝拉肚子，首先根据宝宝的症状及检查结果分清腹泻的性质后，进行对因对症治疗。

如果宝宝每天大便次数并没有明显增多，精神好，体温正常，考虑属于生理性腹泻表现，建议选择益生菌配合助消化的中成药进行治疗。如果宝宝每天腹泻次数明显增多，甚至达到10余次，伴随有呕吐、发烧等临床表现，考虑肠炎的可能性大。

需要根据血便常规等检查结果，按医嘱使用抗生素以及止泻等对症药物进行治疗。如果存在脱水情况，可能需要住院输液治疗。