尿道上裂一般都需进行手术治疗。外科治疗目的包括重建尿道、控制治疗尿失禁、矫正外生殖器畸形。任何类型的男性尿道下裂，均需手术。主要是矫正阴茎畸形，重建有性功能和较满意外形的阴茎，修复尿道畸形，重建尿道以及治疗尿失禁控制排尿，保护肾功能。对于女性尿道上裂常因尿失禁而要求手术治疗。

手术的目的在于延长或尿道重建、膀胱颈部，以达到控制排尿的目的，并矫正女性外生殖器畸形。男性患者，手术推荐在3岁以后进行，4到5岁为宜。女性患者手术可在18个月至2岁期间进行。