宝宝拇指内扣的原因主要包括以下三方面：

1.正常的生理现象。有些宝宝在出生之后，可能会存在肢体不协调的情况，此时可能会出现手指无法伸直，出现内扣。

2.大脑发育迟缓。若宝宝的脑皮层发育迟缓，也可能会引起拇指内扣的症状。

3.脑神经受损伤。当宝宝的脑神经受损伤后，可能会导致运动能力的降低，从而出现拇指内扣的临床表现。因此，当宝宝出现拇指内扣时，家长要在专业医生的指导下，经过相关的检查，明确具体的原因，对症积极处理。