肛瘘和肛门之间的距离也不是固定的，多数位于2~5cm。

其距离和肛瘘的类型有直接的关系，一般低位、单纯性的肛瘘，其外口到肛门的距离比较近，可能2~3cm。而高位肛瘘或者复杂性的肛瘘，其到肛门的距离可能就相对比较远，可达4~5cm，甚至更远。但这也并非绝对的，一些单纯性的肛瘘也可能距离肛门比较远。

肛瘘是由于肛周脓肿自行破溃或者经手术切开引流所产生的后遗症，会导致肛周反复肿痛以及流脓的症状。一般情况下，距离肛门近的肛瘘手术难度比较低，手术对肛门周围组织的损伤也会相对偏小。