肠套叠发烧的处理办法如下：

肠套叠引起发烧，表示病情非常严重，可以使用加酶的青霉素类或者头孢三代的抗生素进行抗感染治疗，也可以进行血培养加药敏试验，选择敏感的抗生素抗感染。如果发热超过38.5℃，可以选择使用布洛芬或者对乙酰氨基酚退烧。

在使用药物治疗的同时，需要积极急诊进行手术探查，将肠套叠肠管嵌顿的部位进行松解复位。如果发现肠坏死，需要进行肠切除、肠吻合。如果发现有其他的肠道畸形，也应手术中一并处理。