膈下脓肿有可能会直接蔓延导致肺脓肿，但是发生肺脓肿的可能性较小。膈下脓肿可以直接蔓延至肺部，导致患者出现咳嗽、胸痛。

如果脓肿穿破到胸腔，还可能会发生脓胸。如果脓肿较大并且有腐蚀消化道的管壁时，可能会出现消化道的出血等并发症。

随着疾病的进展，并且机体的免疫力逐渐下降时，可能会发生脓毒血症，也可能会导致患者出现多脏器功能衰竭，直接导致患者出现生命危险。为了避免并发症的发生，在疾病早期就应该要合理使用高效广谱抗生素治疗。