肛门疼痛有可能是肛周脓肿，但也不排除是其他肛周疾病所引起的。肛周脓肿是属于化脓性的炎性疾病，肛门局部会出现肿痛、皮肤升温，做肛门指检、肛门镜检查就可确诊。

引起肛门疼痛也有可能是因为肛裂，由于裂口还没有愈合，局部会出现刺痛，尤其是排便时，疼痛会加剧，并伴有便血。痔疮出现脱出肛门，发生充血、水肿、嵌顿，形成血栓，也会引起肛门疼痛。

肛窦炎也会导致肛门疼痛，主要是因为肛窦部位反复受到粪便的刺激，而导致局部发炎、灼热、疼痛，疼痛感放射到肛门部位。