食管克罗恩病早期出现的症状主要有全身不适、食欲不振、恶心呕吐、营养不良以及发热寒战等，也会出现体重逐渐的减轻。

而如果没有得到有效的控制，在后期也可能会出现面色苍白又或者是虚弱等症状，最为主要的表现就在于吞咽困难。

也有一些肠道克罗恩病的病人，在经过检查之后会发现肠道黏膜伴有不规则狭窄又或者明显变形等情况，在经过实验室检查之后，也会发现红细胞快速的下降、白细胞逐渐的增加，也有可能会出现贫血的症状。如果没有尽快的控制病情或许就会造成穿透性溃疡。