深呼吸时肝脏下方疼痛，主要因为两个原因：

1.肝脏炎症。肝脏炎症会导致肝细胞水肿、肿胀，于是肝脏体积会增大，增大的肝脏会导致表面肝包膜张力增大，肝包膜表面分布着丰富的神经，深呼吸时膈肌往下压，会牵拉到肝包膜，使本身就紧绷的肝包膜更加张力增加，从而出现肝区下方疼痛。

2.胆囊炎。胆囊位于肝脏毗邻位置，深呼吸时胆囊也会随着膈肌下压而位置变动，如果有胆囊炎或胆囊结石，会随着胆囊的位置变动出现疼痛，表现在外就是肝区下方疼痛。

所以呼吸时肝区下方疼痛，要及时去医院就诊，进行肝功能检查和上腹部B超检查，以便早发现、早治疗。