如果只是单侧的附睾进行了切除，并且在手术后做好各方面的护理，通常副作用很小。

如果双侧的附睾都进行了切除，会导致精子无法进入到附睾发育成熟，严重降低男性的生育能力甚至引起男性不育。在手术后如果不注意手术切口位置的护理，有可能会引起感染，可能会累及睾丸引起睾丸炎，会严重危害男性的生殖系统健康。

在附睾手术后，患者应多卧床休息，禁止性生活，多食用含有高纤维素易消化的食物，保持大便通畅避免腹压增高。