正常情况下输尿管开口于膀胱的壁内段处，有瓣膜形成屏障作用，某些因素影响了膀胱输尿管连接部的生理功能，使瓣膜作用受损后，可出现膀胱输尿管反流。

膀胱输尿管反流主要是粘膜下端输尿管纵行，肌纤维缺陷，致使输尿管口外语，粘膜下输尿管缩短，从而失去抗反流的能力。

输尿管口形态异常、输尿管旁憩室、输尿管开口于膀胱憩室内、异位输尿管口、膀胱功能紊乱等也可导致膀胱输尿管反流。