遗精后小便尿道内有刺痛，多数是因为由精囊炎、前列腺炎、尿道炎引起。引起的原因是排出的有炎症性的物质，会刺激尿道，就会尿道内刺痛。首先，要多喝水、多排尿，及时做尿常规检查、前列腺液检查以及精囊彩超检查，可以进行确诊。

最常见的就是口服广谱抗菌素，也可以配合一些中成药联合使用。广谱抗菌素有左氧氟沙星、环丙沙星、依诺沙星、克拉霉素、阿奇霉素等，消炎药的目的就是将炎症有效控制，可以减少尿道刺激的作用。

中成药主要具有清热、解毒、通淋的作用，比如热淋清颗粒、泌淋颗粒等。通过这样的治疗，多数在3~5天症状就会明显得到改善。