巧克力囊肿的危害主要是以下几点：

一、女性会出现继发性的痛经。也就是之前并没有痛经的症状，但有这样的疾病以后会发生，而且，随着病情的发展，痛经的症状会越来越严重，到最后会严重影响到女性正常的工作和生活。

二、月经的异常。大约有1/3的女性会出现月经量增多、经期时间延长或者月经淋漓不尽。

三、不孕。大约有一半的女性会出现不怀孕的现象，这是因为子宫内膜异位症会导致盆腔局部的结构发生异常，卵巢、输卵管与周围的组织发生粘连，导致输卵管运行功能发生障碍。