巧克力囊肿是子宫内膜异位症，它是卵巢子宫内膜异位症，是由于子宫内膜种植在卵巢的上面。由于卵巢上面的子宫内膜，也会随着月经周期的变化而发生变化。

在月经来潮的时候，这里面的子宫内膜也会发生周期性的脱落，然后生长，这样就会在卵巢上形成单个或者是多个的囊肿。这样的囊肿里面，由于有陈旧性的积血聚集，所以往往形成巧克力一样的囊肿，故称之为巧克力囊肿。

如果囊内的积血比较新鲜，囊内液可能是暗红色的或者是比较稀薄。在临床上巧克力囊肿如果症状比较严重，往往需要手术治疗。