卵巢囊肿做肿瘤标志物检查方法主要是通过抽血化验的方式，肿瘤标记物检查是属于同位素类检查，其主要是通过检测患者血液内肿瘤可能分泌的物质，来评估体内是否存在着恶性肿瘤的风险。

目前临床上广泛应用于评估卵巢肿瘤良、恶性的肿瘤标志物有：癌类抗原125、人附睾蛋白4、糖链抗原199、甲胎蛋白、癌胚抗原。

卵巢肿瘤标记物结合影像学的检查，手术前可以评估卵巢肿瘤良、恶性，初步评估手术范围和手术方式，以及手术的风险。