有附件囊肿通常情况下不可以怀孕。虽然有些生理性囊肿会随着月经期的变化而逐渐消失，但是附件囊肿可能会影响正常受孕，造成精子和卵子不能正常结合，或者发生宫外孕的可能。

而且患有附件囊肿，需要进行药物治疗，药物会对胚胎造成不利影响。如果怀孕，可能会导致胎儿发生畸形或者流产等其他情况发生，甚至有些附件囊肿体积比较大，还可能会出现破裂而引起大出血，需要采取手术治疗，这些都会对女性身体健康造成不利影响。

因此，并不是怀孕最佳时机，建议尽早对附件囊肿进行治疗。治疗结束后，在医生的指导下，做好备孕准备工作，更有利于女性孕期保健和胎儿安全。