手术治疗肥胖症是会有一定的副作用的。目前主要流行缩胃术以及胃旁路两种手术减肥方法，但无论是哪种方法都存在一定的风险和副作用。

缩胃术和胃旁路两种手术都是通过切除的方法来减少对热量的摄入，从而达到减肥的目的。但由于切除了部分胃和小肠，会使器官对营养物质的摄入和吸收不足，导致营养不良。同时，手术后部分胃和小肠的切除会使胃以及小肠的消化功能减弱，从而使食物得不到充分消化，进而对人体的其它脏腑产生不良影响。此外，手术减肥还可能会引发术后感染、疼痛等症状。

因此，为了降低减肥的副作用，最好通过控制饮食以及锻炼等方法来进行减肥。