药物治疗肥胖症是会有副作用的。

目前药物治疗肥胖，有肠道脂肪酶抑制剂类药物，如奥利司他，常见的不良反应就是胃肠道的症状，比如胃肠胀气、腹泻、脂肪便、背痛、下肢痛、头痛，还有呼吸道流感样症状，严重不良反应有肝功能衰竭、肾功能衰竭。

所以药物治疗只推荐体重指数超过24的病人使用，而且使用药物的时候，同时也应注意结合控制饮食和加强运动。建议多喝水，多吃蔬菜，限制糖及脂肪的摄入量，多运动可以选择有氧运动，比如跑步、游泳、打羽毛球等。