肛瘘需要依据病史、查体以及临床症状等多方面综合考虑才可以进行确诊。

肛瘘的诊断首先要依据患者的病史，肛瘘常继发以肛周脓肿之后，有时候也可以继发于肛门外伤，病史较长，一般为数月到数十年不等。

肛瘘的诊断需要有典型的临床症状，例如肛门周围软组织的反复肿痛、破溃、流脓。肛瘘的确诊还需要依赖临床查体，患侧齿状线上通常有质硬的内溃口，肛门皮肤有外溃口，内外溃口之间有皮下瘘管相通，触诊可扪及皮下有条索状的瘢痕，轻度压痛。