特发性尿钙增多症又称为特发性高钙尿症。发病机制不是非常明确，因为有明确的家族性遗传倾向，可能与常染色体显性遗传缺陷所致的基因突变有关，其可引起多种物质转运异常，尤其是维生素D代谢紊乱有关。

维生素D代谢紊乱，可以引起肠吸收钙亢进，肾小管重吸收钙功能障碍，或肠道以及肾小管均有功能障碍，从而导致尿钙增多。

此外，饮食和环境因素也与发病有关。本病有明显的家族性遗传倾向，发病机制与常染色体显性遗传和基因突变有关。