由于新冠病毒的肛拭子检测不够快捷和方便，所以目前并没有实施大规模的筛查使用。

该方法目前所针对的重点人群主要是密切接触人群、入境人员，具有消化系统症状的人员，以及隔离观察的人员等。而目前对于普通大众所进行的大规模筛查当中，仍旧使用鼻咽拭子进行核酸检测，与肛拭子相比过程要更加方便一些。

但是根据研究发现，有一些轻症患者或者无症状感染者，在感染之后由于机体恢复比较快，可能3~5天左右咽拭子核酸就检测不到了。但是肛拭子或者粪便的核酸阳性持续的时间要相对更长，所以通过肛拭子的检测能够减少漏诊，增加检出率。