胆囊萎缩有可能引起胆汁反流性胃炎。胆囊萎缩多继发于胆囊结石长期刺激，及引起胆囊炎反复发作后胆囊壁逐渐变薄，胆囊功能逐渐丧失而变为无功能胆囊。

胆囊原本生理功能是储存、浓缩及排出胆汁。在胆囊发生萎缩后，胆汁无法储存于胆囊中，经肝脏分泌出的胆汁，将会顺着胆总管排至肠道内。肠道内的胆汁会增多，则有可能会反流至胃而引起胃炎。

但是胆汁反流性胃炎的病因有很多，也不一定完全都是由胆囊萎缩引起。因此，如果考虑有胆汁反流性胃炎时，需完善胃镜检查明确诊断。