坐着时肛门疼痛，可能是以下一些原因所导致的：

首先，痔疮。当内痔以及混合痔脱出肛门无法回纳，出现嵌顿时，或者当外痔出现血栓形成以及炎性水肿时，坐下时就有可能会挤压痔核而导致疼痛。

其次，肛门周围一些感染性疾病。例如肛瘘、肛周脓肿、肛周疖肿等，这些疾病会导致局部组织出现红肿，当坐下时就有可能压迫感染的组织而引起疼痛症状。

再次，也有可能是肛裂。慢性肛裂局部会形成慢性溃疡的裂口，坐下时也可能会挤压裂口而引起疼痛症状。

另外，也有可能是肛门周围的肿瘤，以及尾骶部一些疾病所引发的症状。患者需要及时去医院就诊，明确原因，再采取相应治疗。