腹型偏头痛综合征最主要的临床表现为阵发性的腹痛，持续数分钟或数天。腹痛与偏头痛可同时发生，或腹痛中无偏头痛，或腹痛与偏头痛交替发生。

同时还可能伴有发热、寒战、恶心、呕吐、腹泻、出汗、皮肤苍白或暗红色，以及疲劳，有时容易误诊为胃肠炎、胰腺炎、阑尾炎等。但腹部无器质性病变，在间歇期间一切正常，没有任何症状。

如果排除了阑尾炎、胰腺炎或胆囊炎等腹部疾病，同时发现头痛发作，则基本可以确定腹痛型偏头痛综合征。