咽麻痹引起病因主要有炎症、出血或血栓形成、外伤、以及肿瘤等因素所导致，有中枢性原因也有周围性原因。中枢性原因多见于各种原因所引起的延髓病变，比如肿瘤、血栓形成、出血、延髓性麻痹、多发性硬化、脊髓空洞症、脑炎等。

周围性咽麻痹以多发性神经炎较为多见，还有其他原因所引起的咽喉麻痹。如中毒性神经炎、颅底病变压迫等，因此，咽麻痹治疗应根据病因针对性治疗，对咽麻痹进食困难患者宜插鼻饲管，以维持营养和防止吸入性肺炎发生。