引起咽麻痹的病因有两种，一种是中枢性因素，一种是周围性因素。

中枢性因素多见于因为各种原因导致的延髓病变，例如出血、肿瘤、血栓形成、延髓性麻痹、多发性硬化、脑炎、脊髓空洞症，这些原因都有可能会导致延髓病变，并且可能会引起咽麻痹。

周围性因素比较常见的是多发性神经炎，但是也有可能是脑外伤、脑肿瘤、中毒性神经炎等引起的。对于咽麻痹主要是对因对症治疗，例如周围性麻痹一般使用抗胆碱酯酶剂、维生素B1等进行治疗。