慢性反流性肾病治疗的目的就是要制止尿液反流和控制感染，防止肾功能进一步损害。治疗的方法分为内科治疗和外科治疗两种方法。通常小于50岁以下的患者，如果出现有重度反流，并且出现难以控制的尿路感染，应当选择外科手术治疗。如果有蛋白尿者一般不宜手术治疗。

而内科治疗主要是针对患者的饮食习惯进行调理，比如要多饮水、勤排尿，要保持膀胱通畅、大便通畅，最重要的就是要长程低剂量抗生素的应用，也就是患者在睡前排尿以后口服一次单剂量的抗生素治疗，只有这样才能够避免感染反复发作。如果患者合并血压升高，应当控制高血压，因为高血压可以加速肾功能的损害，因此，对于慢性反流性肾病患者要监测血压的变化，出现高血压时应该积极治疗。