血清阴性脊柱关节疾病的病因尚不清楚，重要的一点是它与遗传有关。

血清阴性关节病的患者多为HLA-B27阳性，不能单独用于诊断血清阴性脊柱关节病。还有其他原因感染，如肠炎、上呼吸道感染等都会造成血清阴性脊柱关节病。

此外，环境因素和情绪、免疫功能障碍，包括内分泌功能障碍可影响疾病。降低疾病发生率，要注意调整免疫状态，适当运动增加免疫功能，调节免疫机制适应各种情况，降低血清阴性脊柱关节疾病的发生率，减少疾病的产生。