气管食管瘘的危害主要是由于气管和食管相通，患者在进食的时候，食物经过气管食管的瘘口进入到了呼吸道，吸入到肺内引起肺部的感染，严重的肺部感染可以引起发烧等不适。

另外一个危害是因为进食以后，患者反复的呼吸道感染、呛咳，导致不能正常饮食。如果没有建立鼻饲或者胃造瘘等进食通路的时候，严重影响患者的进食，导致患者的营养不良。

如果持续时间过长，还可以导致患者体内水电解质的失衡，导致恶液质及患者体质的下降，对感染的抵抗能力也会下降。所以，又会加重肺部感染，这就形成一种恶性循环。导致病情不断地加重，最终可能会危及到患者的生命。