在局麻或其他麻醉方式下，在脓肿最低的位置进行切开，切口方向一般与皮肤纹路一致，切口的长度至少等于脓肿的直径，也可做十字型切口，脓肿切开时要注意避开重要血管及神经，切口应避免跨越关节，脓液要送培养及药敏实验。

对于浅表的脓肿用凡士林纱布或皮条引流即可，若是脓肿较深，脓腔较大时需要放置引流管引流，手术时要避免挤压脓肿，以免感染扩散，需要注意的是，乳腺、肛周等部位的脓肿宜做放射状切口。