巧克力卵巢囊肿会影响到生育功能，是由于当女性发生巧克力囊肿以后，这个时候囊肿的周围跟卵巢容易发生粘连，粘连容易发生在子宫的后方、阔韧带的后叶，从而使卵巢以及输卵管固定在骨盆腔里面。这种情况下会导致输卵管梗阻或者是扭曲，使输卵管的蠕动发生异常，影响它的拾卵以及对受精卵的运输功能。

另外由于盆腔、腹腔有一些异常的物质从而导致女性的不孕。这样的女性会导致排卵的障碍，从而也会导致不怀孕。