藏毛囊肿和肛周脓肿的区别，在于发病的原因和临床症状。

从发病原因角度考虑，藏毛囊肿有可能是由于先天因素导致髓管内部残留一些皮肤组织，并且包含一些毛囊而形成的一种改变，可能与日常生活中的外伤、长时间坐着等因素有一定的关系。而肛周脓肿则主要是由于肠道内细菌侵入肛窦而引发的一些炎症。

而从临床症状角度考虑，藏毛囊肿主要可以表现为肛门或者是尾椎周围出现的一种疼痛性质的肿块，可能会引发癌变或者是蜂窝织炎。而肛周脓肿一般会以肛门周围皮下出现疼痛、灼热为主，可能会出现破溃、糜烂、渗出等现象。