多胎妊娠胎儿的畸形率，较单胎妊娠来说会高一些。

尤其对于单卵多胎，其更容易发生胎儿畸形，如胎儿心脏畸形、神经管缺陷、胎儿的面部发育异常，以及胃肠道发育异常和出现腹壁裂开，以及内脏外翻等。另外，还有联体双胎以及胎儿无心畸形。

还有由于多胎妊娠，其孕妇还容易导致多种并发症及合并症，如妊娠期高血压疾病、妊娠期肝内胆汁淤积症和贫血以及羊水过多等，都容易增加胎儿宫内发育受限、宫内缺氧，甚至胎儿畸形、死胎等风险。