肝囊肿是由于细菌或者是真菌感染引起来的疾病，多数情况下肝脓肿的发病与阿米巴性结肠炎有着密切的关系。有细菌性肝脓肿是由于细菌入侵而引起，细菌有各种途径感染肝脏，引起肝脏炎症性的病变，导致肝脏组织坏死、液化，形成细菌感染性脓肿。细菌感染进入肝脏的途径，可以通过胆道进入，细菌沿着胆总管上行，这是引起细菌性肝脓肿的主要原因。还可以通过肝脏的动脉，体内任何部位的化脓性病变，细菌都可以经过肝脏进入。还通过门静脉进入，或者是有肝外伤的时候，会容易引起感染而形成脓肿。