阿米巴包囊随着被污染的食物或者水进入到人体，通过胃进入肠道，在碱性肠液的消化下，囊内的虫体脱囊而出，经过二次分裂形成小滋养体。当机体抵抗力降低或者说肠道的局部抵抗力降低时，滋养体就会侵入肠壁，寄生在粘膜或粘膜下层，并分泌出一些溶组织酶，使肠粘膜形成溃疡。

阿米巴滋养体，可经过破损的肠壁小静脉或者是淋巴管进入肝脏。大多数在到达肝脏后就被消灭，少数存活在门静脉迅速繁殖，慢慢的阻塞门静脉小支，造成肝组织局部缺血坏死。它会不断的分泌溶组织酶，破坏静脉溶解肝组织，致使肝内肝细胞呈点状或者是斑片状的坏死，周围有充血的现象，之后慢慢坏死，逐渐的融合成团，即形成所谓的阿米巴肝炎或者是肝脓肿的前期。如果这时候，及时治疗坏死病灶，也会被吸收，被纤维结缔组织代替。如果得不到有效的治疗，病情进一步进展，肝组织被进一步的溶解液化，就会形成肝脓肿。