肛瘘术后复发率比较低。在彻底切除漏管以后，患者的复发情况是比较少见的，这种情况下出现复发多见于新的脓肿或者是有感染灶形成的漏管。

临床常见肛瘘患者的肛瘘漏管比较复杂，沿着臀部肌肉间隙可形成两条以上的漏管。在手术过程中，医生只能通过探针探查漏管，用亚甲蓝染色。

极为复杂的病例会出现遗漏，并不能够完全将所有的漏管剔除干净，这种情况下术后可能会导致复发，这种情况出现的概率是比较低的，需要做二次手术。