引起男性小便刺痛的原因如下：

1.尿道口或前列腺等部位存在损伤创面，小便时尿液对损伤创面刺激，即可引发刺激的痛感，可由于粗暴性行为导致尿道口损伤，或劳作过程中不慎损伤前尿道。

2.患有泌尿道感染性疾病，尿液对炎性充血的尿道黏膜刺激引起刺痛感。

3.非疾病原因要考虑跟饮水量太少，或是体液量丢失过多，未及时补充饮水及体液，导致尿液过度浓缩而引起小便刺痛感。

因此，应结合伴随症状及外力损伤史，辅助尿液化验、泌尿道彩超等检查，明确病因。