宝宝发生衣原体感染咳嗽时，要及时采取以下这些措施：

首先，在发生衣原体感染咳嗽时，如果只是轻微的咳嗽一般不需要特殊的处理，此时调整好室内的温度和湿度，保持室内的空气流通，就可以促进此种症状的缓解。

其次，在发生衣原体感染引起咳嗽时，如果属于较严重的情况，要立即在医生的指导下使用一些药物进行治疗，不仅要遵医嘱服用一些抗生素的药物进行治疗。还要配合服用一些止咳化痰的药物，常用的药物有阿奇霉素、红霉素、肺力咳、氨溴特罗。

此外，宝宝在感染的衣原体出现咳嗽现象时，也可以采取雾化吸入治疗，采取雾化吸入治疗可以缓解咳嗽。在对症治疗的过程中要注意保暖，避免让宝宝着凉。