小孩衣原体感染咳嗽，可以服用大环内酯类抗生素，以及止咳化痰的药物。

衣原体感染引起的咳嗽一般比较剧烈，大多以干咳为主，可以给小孩服用大环内酯类抗生素，比如阿奇霉素、罗红霉素、克拉霉素等药物控制感染。如果干咳厉害，可以结合服用复方福尔可定。如果痰液较多，可以给予小儿定喘口服液、小儿咳喘灵口服液等药物化痰止咳，结合应用糖皮质激素雾化吸入，常用的药物有沙丁胺醇、特布他林、布地奈德等。

经过综合治疗能减轻气道的高敏反应，促进气道上皮细胞的修复，逐渐改善咳嗽的症状。