肛膜闭锁是肛门畸形的一种，应及时进行手术治疗，重建肛门。手术方法为在肛门膜状闭锁部位，做十字形切口，将粘膜与皮肤对合后，用肠线或其它可吸收缝线间断缝合。

肛膜闭锁手术成功的关键在于术后的扩肛，术后一周就要开始用扩张器扩肛。而且还要熟练掌握扩肛的要领，因不能长时间住院，还要教会家长怎样扩肛，以防因扩肛不彻底继发肛门狭窄。

或因扩肛手法不当造成直肠及尿道的损伤，形成直肠尿道瘘。扩肛的周期应持续6个月以上，直到肛门处瘢痕软化为止。出院后还应进行排便训练。如果排便困难时应服用泻药以助排便，防止顽固性便秘的发生。