水疱可以是因为细胞间的连接结构被各种原因破坏所导致。如表皮细胞间的连接结构桥粒被破坏之后，出现了表皮内的水疱。而基底层细胞与下方的基底膜带之间的连接结构半桥粒被破坏，则可以引起表皮下水疱。

最常见的疾病有天疱疮和大疱性类天疱疮，是因为自身免疫，抗原抗体相结合后使细胞间连接不紧密，同时激活蛋白水解酶水解细胞间连接结构。

还常见于疱疹性疾病，是因为病毒感染使组织坏死所导致。水疱还可因为局部炎症加重，细胞水肿程度严重，细胞膜崩解融合，从而出现水疱，常见于重症多形红斑等。