全身系统性疾病会影响口腔溃疡的发生和发展。自身免疫性疾病导致机体免疫系统紊乱，免疫因素是口腔溃疡发生发展的致病因素，例如系统性红斑狼疮、多形性红斑、天疱疮等。

一些系统性疾病累及口腔时主要表现为口腔黏膜溃疡，例如白塞病的首发症状是口腔黏膜溃疡，以消化道溃疡为主要表现的克罗恩病也会导致口腔溃疡的发生，一些性传播疾病，比如艾滋病、淋病等都可以导致口腔溃疡。

机体内分泌异常也会影响口腔溃疡的愈合，例如像糖尿病。另外机体恶性肿瘤如果做了放疗或者是化疗，尤其是靶向用药会导致口腔溃疡的发生，这些一定要注意。