流感后咳嗽厉害可通过以下的方式进行治疗：

一、止咳治疗，如果患者咳嗽、咳痰较剧烈，可以辅助性的使用一些止咳的药物，例如川贝枇杷膏、氨溴索口服液、肺力咳合剂等，干咳的患者可以口服右美沙芬。

二、抗过敏治疗，主要应用于夜间咳嗽的比较频繁，影响睡眠的患者，可以口服左西替利嗪、氯雷他定等药物。

三、如果咳嗽的厉害，主要考虑是继发细菌感染所引起，可以到门诊查血常规，确定是细菌感染应使用抗生素，常用的药物包括头孢类、青霉素类、大环内酯类等。