有慢性胃肠炎能打新冠疫苗，但是在急性胃肠炎或慢性胃肠炎急性发作期，不建议进行新冠疫苗的接种。

根据新发布的我国新冠疫苗接种技术指南第1版提示，任何急性疾病都需要与接种医生沟通后，判断是否可以进行接种。尤其是在急性胃肠炎或慢性胃肠炎急性发作期，存在腹泻、腹痛等胃肠道症状的情况下，接种新冠疫苗有可能会加重这种情况。

如果是感染性因素引起的腹泻，还有可能会导致新冠疫苗接种失败。