结肠瘘会造成患者出现严重的感染，多脏器功能衰竭以及死亡的可能。

结肠瘘的患者由于瘘出的都是粪便，所以会导致腹腔严重的感染，引起腹膜炎，并且短期内会继发全身性感染，例如脓毒血症，感染继续加重会导致最严重的结果，就是多脏器功能衰竭。引发多脏器功能衰竭的主要原因就是腹腔感染。

当然也有可能因长期患病导致的重度营养不良、免疫功能下降，致全身性感染等原因导致，有八成以上的肠瘘死亡患者伴有多脏器功能衰竭。